Данните за ранната история на манастира са съвсем малко и несигурни. Все пак, според историци, примитивни монашески килии са били направени и заселени още през 4-ти век. Сведения от старохристиянски писатели сочат, че християнството в околностите на Одесос било разпространено още през втората половина на I в. Позовавайки се на тези източници някои считат, че в скритите скални помещения древните християни са можели необезпокоявано да изпълняват своите религиозни обреди. Първите археологически материали се отнасят към ранновизантийската епоха – монети от времето на Константин (4-ти век) и Юстиниан (5-ти век), както и няколко керамични парчета, намерени при разчистването на насипа пред скалата. Тези оскъдни материали все още не дават достатъчно основания да се твърди, че по това време манастирът вече е съществувал. По-вероятно е пещерите да са били използувани за жилища на бедното население или убежища по време на варварски нападения - обитаването на подобни скални помещения е било характерно за крайбрежната част на Североизточна България. Доказано е, че манастира е придобил своя завършен вид през 12 век.

Монашеските килии, общите помещения и параклисите, издълбани директно във варовиковите скали и разположени на две нива над земята, са свързани посредством външно стълбище. На долния етаж са били разположени стаите на монасите, общите части (кухня, дневна) и малка църква, докато горния е бил изцяло предназначен за параклиса. За съжаление, днес е запазена само малка част от тогавашните стенописи (повечето от тях са в параклиса), но усещането от посещението на изкопания в отвесните скали високо над земята манастир е незабравимо. Аладжа манастир е обявен за паметник на културата, има и малък музей на двора. На няколкостотин метра е разположен и подобен манастирски комплекс, наречен Катакомбите. Той има подобни история и архитектура, но запазените му останки са далеч по-малко.

Настаняване и храна: Аладжа манастир не е функционираща обител и там не се предлагат настаняване и храна. Все пак в близките курорти Златни Пясъци и Св. Св. Константин и Елена има достатъчно голям избор.

Транспорт: До манастира се стига лесно от Варна и Златни Пясъци с кола или автобус – разстоянието от спирката е за пет минути пеш.